同軸SPD I/Fから音は出ていないが、アナログ出力からは音が出ていることがわかった。ということはSPD I/Fがうまく認識されていないということだろうと推測。改めてマニュアルと
ALC662 3stack-dig 3-stack (2-channel) with SPDIF 3stack-6ch 3-stack (6-channel) 3stack-6ch-dig 3-stack (6-channel) with SPDIF 6stack-dig 6-stack with SPDIF lenovo-101e Lenovo laptop auto auto-config reading BIOS (default)
を眺めていて、alsa-baseに書くオプションを3stack-digから3stack-6ch-digに変更してみてリブート。無事に音が出るようになった。
ここに至るまでいろいろと検索をしてみたが、どうやらlinuxでオンボードのサウンドが出ないというのは定番のトラブルのようだ。
ついでにメモ。knoppixやubuntu8.10、ubuntu9.04βのライブCDでも同様に音が出なかった。